Zasady wynagradzania pracowników NCBR są uregulowane w Ustawie o NCBR oraz stosownym rozporządzeniu Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

Pracownicy NCBR mogą posiadać kilkuskładnikowe wynagrodzenie, podstawą którego jest wynagrodzenie zasadnicze – wynika ono z umowy o pracę i zgodne jest z przewidzianą przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego i zaprezentowaną poniżej tabelą płac.

Pracownicy, którzy przepracują minimum 5 lat na umowę o pracę (w dowolnym miejscu) zyskują także prawo do 5%, wypłacanego wraz z miesięczną pensją, dodatku stażowego. Dodatek ten wzrasta po każdym kolejnym przepracowanym na umowę o pracę roku o kolejny 1% i może wynosić od 5% do maksymalnie 20% wynagrodzenia zasadniczego.

Osoby, które realizują w NCBR zadania specjalne lub pełnią funkcje kierownicze mogą otrzymać również dodatki specjalne lub funkcyjne.

W NCBR obowiązują również „trzynastki”, czyli dodatkowe wynagrodzenie roczne naliczane proporcjonalnie według czasu przepracowanego w danym roku kalendarzowym. Prawo do niego zyskuje każdy pracownik organizacji, który przepracował minimum 6 miesięcy w danym roku kalendarzowy.

Dodatkowo średnio 2 razy do roku w organizacji przyznawane są nagrody uznaniowe za poszczególne półrocza pracy.